Den forældreløse dreng Peter har kun én rigtig ven, nemlig den frække, men rare drage Elliot, der kan gøre sig usynlig, når det behøves. Da Peter en dag stikker af fra sine onde plejeforældre, tager Elliot selvfølgelig med. Efter et forvirrende besøg i byen Passamaquoddy havner de hos den venlige fyrmester Nora, der tager sig af Peter og tilbyder ham et nyt hjem hos dem. Men hun aner ikke, at hans bedste ven er en usynlig drage. Peter og dragen leverer et musikalsk eventyr, hvor tegnede figurer og rigtige skuespillere forenes i en varm fortælling om venskab.